北京大学第三医院眼科创立于1958年，由著名眼科专家李凤鸣教授率张惠蓉、赵光喜、朱秀安等老一辈眼科专家，在医、教、研方面全方位发展，跻身于我国眼科先进行列。李凤鸣教授主编的《眼科全书》是我国第一部眼科大型专业性学术著作，荣获1998年卫生部科技成果一等奖。 在三院眼科基础之上，北京大学眼科中心于2001年10月成立，建筑面积10,000m2；集眼科临床、教学和科研于一体，为国家重点学科、北京市重点实验室、国家临床药理试验基地。眼科中心由美国约翰霍普金斯大学曹安民教授担任首任主任，2010年4月-2014年9月，我国著名眼底病专家马志中教授继任主任，王薇教授、郝燕生教授任副主任。2014年10月起，由王薇教授担任主任，洪晶教授、王常观副主任医师担任副主任。2018年8月后， 洪晶副主任主持工作并分管科研工作，王常观主任医师、陈跃国教授分别担任医疗副主任及教学副主任。