干扰素的不良反应大部分为自限性，极少数为严重不良反应。不良反应主要体现在以下几个方面:

(1) 流感样症状：早期最常见的不良反应，表现为发热、寒战、头痛、乏力、全身不适、心动过速及肌肉酸痛。大部分患者可以耐受，在注射数针后会逐渐减轻、消失。

(2) 血液系统表现：有不同程度的骨髓抑制，部分患者可以发生白细胞总数、中性粒细胞和血小板计数的轻度至中度下降。

(3) 精神和神经系统表现：包括乏力、衰弱、嗜睡、缺少主动性、易怒、思维混乱、冷漠、情绪及认知改变、抑郁焦虑等。

(4) 免疫和内分泌系统：有免疫调节作用。在治疗过程中可出现抗甲状腺球蛋白抗体及抗微粒体抗体等甲状腺抗体，最常见的甲状腺功能减退。

(5) 其他不良反应：少数患者可出现心律不齐、心脏缺血性疾病和心肌病。少数可出现不同程度的肾毒性表现，包括轻度蛋白尿、尿白细胞增多、镜下血尿和轻度肾功能减退，血肌酐水平、尿素氮升高等，大多停药后可自行恢复。部分患者可出现胃肠道方面的不良反应，如恶心、呕吐、消化不良、腹泻、腹痛等症状。脱发、皮疹也相对常见，但可以恢复。罕见的其他不良反应还包括视网膜病变甚至视力障碍、间质性肺病、听力障碍甚至突发性耳聋等。