生于1914年6月，河北省丰南县人。1942年毕业于北京大学医学院。毕业后在北大附属医院内科工作，从事内科疾病尤其是消化系统疾病的临床、研究工作。1953年任副教授，1955年加入九三学社。1958年郑芝田教授调至三院担任内科教研室主任及内科主任，并兼任北京医科大学公共卫生系副主任。郑芝田教授带领全科同志艰苦奋斗，建立了消化、心血管等专业学组，是国内最早开展胃镜、腹腔镜、肝穿刺等检查的先驱之一，是我国消化内镜学奠基人之一。

1978年创建北医三院消化疾病研究室。1979年晋升为教授，1981年被聘为博士研究生导师。历任中华医学会北京分会内科学会主任委员、中华医学会消化病学分会第二届主任委员、名誉主任委员、内镜学分会名誉顾问、肝病学分会名誉顾问、卫生部医疗卫生技术鉴定咨询专家、《中华内科杂志》及《中华消化杂志》副总编辑、《 J of Gastroenterol & Hepatol 》编委、《实用内科杂志》及《中华内镜杂志》顾问、医学名词审定委员会消化组组长、英国胃肠病学会海外会员、日本消化器病学会名誉会员等。1992年开始享受国务院颁发的政府特殊津贴待遇。

1978年11月郑芝田与张孝骞、江绍基和陈敏章等在杭州成立了中华医学会消化病学分会筹备委员会。1980年12月当选为第一届消化病学分会副主任委员。1983年10月当选为中华医学会消化病学分会主任委员。

上世纪70年代，郑芝田教授就呋喃唑酮治疗消化性溃疡进行了系列的临床及基础研究。发现呋喃唑酮不仅可以提高消化性溃疡的治愈率，同时还能减少溃疡病的复发率。其研究成果发表在《 Lancet 》上。郑芝田教授主持的"呋喃唑酮治疗消化性溃疡"的研究在1985年获得"北京市科学技术进步奖"三等奖，1986年获得卫生部科技进步二等奖。开展了萎缩性胃炎的免疫分型，相关研究在1978年获得北京市科学技术进步奖三等奖。

郑芝田教授终身潜心研究，直到1987年退休后仍不间断，将自己大半生从医、从教、从研的经验和心得总结成书。1986年主编出版了《胃肠病学》，并分别于1993年和2000年完成了第二版、第三版的修订。1998年完成了专著《消化性溃疡病》，并在2000年获北京市科技进步二等奖。2003年在90岁高龄时主编完成了《医学缩略语词典》。

郑芝田教授一生勤勉，80岁时写下"历尽沧桑八十年，回眸弹指一挥间，少壮坎坷难言表，老来无成自当然，不图荣华与富贵，但愿造福伤病员，阎君尚能假我寿，余当奋力再向前"。此诗正是他一生的写照：自强不息，孜孜不倦，淡泊名利，谦逊平和，为祖国的医学事业奋斗终生。