自上世纪70年代郑芝田教授即开展消化内镜检查，我科是国内最早开展此项技术的单位之一。1985年消化科建成面积300m2的临床实验基地，整个建筑分为两层，其中一层为内镜室，引进先进的诊疗设备，包括电子内镜、超声内镜、超声腹腔镜等。

       2006年，内镜室建筑面积增至600余m2。2007年,在富士能公司投资基础上，消化科成立内镜培训中心，成为全国消化医师正规内镜培训基地。2016年底，成为国家首批ERCP培训基地。目前内镜室拥有以下先进设备:电子内镜主机，Doppler电子超声胃镜(环扫、扇扫、小探头)，胶囊内镜，电子双气囊小肠镜，新型电子结肠镜，新型电子十二指肠镜，内镜超声微探头，超细经鼻胃镜，电子放大内镜+FICE系统，内镜蓝激光影像诊断系统。多年来北医三院消化科开创了国内多项内镜的第一：1974年率先开展ERCP技术；1982年率先开展放大内镜和单人结肠镜检查；1985年率先开展超声内镜；1991年率先开展早期胃癌内镜下治疗技术；1995年率先进行经皮内镜下胃造瘘技术,这些先进的技术和设备为临床病人的诊治解决了很多疑难问题。

      目前内镜室常规开展的先进技术包括:

(1)2007年率先引入和使用超细鼻胃镜、双气囊小肠镜、放大电子色素内镜、胶囊内镜、超声内镜、单气囊大肠镜等先进检查设备

(2)急诊内镜检查，包括胃镜、肠镜、ERCP及其相关治疗。24小时随时可为突发出血等急诊患者提供内镜检查及必要的内镜下治疗，并由高年资医师亲自进行，为及时挽救危、急、重症患者生命提供保障。

(3)各种内镜治疗技术，包括内镜黏膜下剥离术(ESD)，内镜下胃造瘘术(PEG),超声内镜检查，胃肠道息肉切除术，食管静脉曲张硬化和套扎治疗，消化道狭窄扩张及支架置入术，异物取出术，经口内镜下肌切开术(POEM)，内镜经黏膜下隧道肿瘤切除术(STER)，超声内镜引导下细针穿刺术(EUS-FNA)等。

(4)ERCP及相关内镜治疗技术，如内镜下取石术，乳头括约肌切开术，各种胆道支架置入术，鼻胆管引流术等，尤其在难治性ERCP技术方面积累了丰富的经验。

同时注重内镜工作质量把控，2023年通过对内镜图文辅助系统更新换代，提升了质控能力。