双气囊电子小肠镜在构造上与普通电子内镜略有区别，内镜和镜身外套管头端各安有一个可充气、放气的球囊，操作者可通过两个气囊轮流充放气的方法将肠管套拉至内镜上，并使内镜在外套管的协助下缓慢地插至小肠深部。双气囊小肠镜可根据病变在小肠中的部位不同，选择从口腔或从肛门进镜（上下镜应分开），通常情况下，经口进镜可抵达回肠中下段或末段回肠，经肛门进镜可上达空肠中上段，这样交叉进镜可使操作者对整个小肠进行一次完全、彻底、无盲区的检查，并能检出绝大多数小肠疾病。

与其他内镜检查相比，小肠镜检查的时间相对较长，平均４０～６０分钟，在清醒镇静或全麻下检查，患者的耐受性和安全性均良好。

双气囊电子小肠镜在内镜构造和进镜方式上都进行了改良，这给消化内镜检查带来一场新的革命。它的问世与应用，使人类整个消化道不再存在任何盲区，有望将小肠疾病的诊断和治疗提升到一个全新高度。