我科器官移植水平一直处于国内领先地位，也是我科突出的临床特色之一。在著名泌尿外科和器官移植专家马潞林教授的领导下，肾移植术前配型、手术技术、术后管理及慢性移植肾肾病水平不断提高，达到国际先进水平。自2001年以来，治疗我科一成功开展了同种异体肾移植术超过2000例。是国内较大的移植中心之一，近年肾移植数量在北京市内名列前茅。多年来，科室中已经培养出了一大批从事器官移植的专业人才，可以熟练地独立完成肾移植手术。我科成功举办多次国家级器官移植学习班、亲属肾移植学习班，培养了多名临床器官移植工作者。2006年我院顺利通过了卫生部组织的肾移植技术准入评审检查，成为全国首批获得肾移植资格的医院之一。

移植组成员马潞林教授任中华医学会泌尿外科分会移植学组组长，赵磊主任医师任移植学组秘书，侯小飞任北京医学会器官移植分会委员，张洪宪副主任医师任北京医学会器官移植分会青委会副主委，刘磊副主任医师任北京医学会器官移植分会青年委员。

移植技术方面，2003年，开展腹腔镜活体供肾切取术，是国内开展较早的单位，具有多年的技术积累。作为器官移植最复杂的技术之一，我科完成了共完成近30例同期胰肾联合移植手术，治疗效果好。此外，移植团队对移植后并发症处理具有丰富的临床经验，在移植肾输尿管狭窄的治疗，肾移植后新发肿瘤的手术治疗方面具有特色技术。