乙肝疫苗是一种非常安全的疫苗，大多数人接种后不会发生不良反应，仅少数人在疫苗注射部位有轻反应，包括注射局部发红、肿胀和硬结，稍有压痛，不需要任何处理，2~3天后即消退。少数人接种后全身反应轻微，有轻度发热（<38 ℃），个别人伴有恶心、头痛、全身不适等症状，极少数出现畏寒或低热，也有个别报告出现荨麻疹者。

至于接种乙肝疫苗后出现的视力减退、嗜酸性粒细胞增多、肾小球肾炎和血小板减少性紫癜等症状和疾病与乙肝疫苗的关系虽然尚未完全确定，但应引起重视。