1、真菌镜检

是最简单也是很有价值的实验室诊断方法。其优点在于简便、快速，无菌部位的阳性结果可直接确定真菌感染。但是由于阳性率较低，阴性结果亦不能排除诊断。直接镜检对于浅表和皮下真菌感染最有帮助。

2、真菌培养

真菌培养是实验室检查中的重要环节，培养出致病真菌是进一步鉴定菌种的前提条件。常规的真菌培养需要在28-30°C温度下培养3-4 周，一般培养选用沙氏培养基（SDA）或者马铃薯琼脂培养基（PDA）。

3、分子生物学鉴定

常用的分子生物学鉴定方法包括：真菌DNA 硷基组成（G+C Mol%）、限制性片段长度多态性（RFLP）、随机扩增多态性DNA（RAPD）、Southern 印迹、脉冲场凝胶电泳（PFGE）、rDNA序列测定等。 4、生理学和生物化学方法

在纯培养上真菌生长比较快，可用生理、生化方法来鉴定菌种，多用于酵母菌鉴定。对碳水化合物的利用能力是酵母菌鉴定的主要手段，真菌生长温度试验也用于鉴定。目前API系统，可用于丝状真菌的辅助鉴定。此外，微生物自动鉴定系统Vitek、autoSCAN-4、Biolog和MIS等自动鉴定系统，可较满意地鉴定临床上常见病原性酵母菌。

5、血清学方法检测真菌抗原成分

（1）β-D-1,3葡聚糖（BDG）：是许多真菌细胞壁的主要成份，如念珠菌、曲霉、镰刀菌等，但不包括隐球菌和接合菌；由于细菌、病毒、哺乳动物无这种成份，因而在循环血液中测得时则提示侵袭性真菌感染，目前已经有商品化BDG检测的试剂盒。

（2）半乳甘露聚糖（GM）：GM是存在于曲霉和青霉细胞壁的一种热稳定的多糖，可用于侵袭性曲霉病的临床诊断。使用血清和支气管肺泡灌洗液可检测 GM，近来也有人使用尿液和脑脊液等标本检测。GM检测的敏感性为29-100%，而其特异性可超过90%。由于GM量的多少与组织中真菌含量密切相关， 因此检测GM还可以提示疾病的预后。