第二门诊部药房隶属于北医三院药剂科，于1997年9月第二门诊部成立时开始使用，承担着二门诊患者的药品供应和药品质量控制工作，作为医技科室努力为临床科室服务。 二门诊药房于2017年12月27日南北区两个药房合并，目前位于第二门诊部（育新小区23号楼）一层，主要承担门诊部开设的各临床科室（内，外，妇，儿，口腔，皮肤，耳鼻喉，眼科，中医科等）的常用药的调剂供应及发生药品不良反应的上报工作。由于整体面积有限，在充分满足临床科室用药的前提下，药房常用药品在420种左右，其中:西药约占3/4，中药约占1/4。

随着门诊科室的完善，患者不断增多，我药房配备的药剂人员由刚成立时的两人增加到现在的六人，由经验丰富的药学专业技术人员组成的这个团队，（其中主管药师三名，西药师一名，中药师两名），为患者提供优质的药学服务提供了良好的保障。药师的主要工作包括审查处方，调配发药，辅导患者正确使用药品等，以确保患者用药安全、有效。患者如遇药品不良反应可及时咨询药师。

除了日常工作外,每年参与第二门诊部患者教育工作两次以上，主要以治疗常见疾病药品的用法用量及注意事项为主。

从2013年初第二门诊药房药师参与到第二门诊部的慢病管理工作中，主要工作是慢性疾病（如：糖尿病，高血压，高血脂等）患者教育，用药指导及咨询工作。

2018年末为方便患者用药，开始开展草药代煎服务。