自身免疫性疾病主要是机体产生了针对正常组织成分的抗体，在多种因素的作用下，使机体自身免疫反应失控，直接或间接损伤自身组织造成的疾病。常见的自身免疫性肝病主要有自身免疫性肝炎、原发性胆汁性肝硬化、自身免疫性胆管炎。针对这些疾病的常见实验室检查主要是一些自身免疫性抗体的检测，如抗核抗体（ANA），抗平滑肌抗体（SMA），抗肝肾微粒体抗体（LKM1），抗可溶性肝细胞抗原（SLA），抗肝胰抗体（LP），抗线粒体抗体（AMA），抗中性粒细胞胞浆抗体（ANCA）。此外，免疫球蛋白如IgG和IgM的水平测定也有助于诊断。