慢性乙肝患者抗病毒治疗包括干扰素和口服核苷类似物治疗。在初始治疗前需要对患者进行评估，了解治疗前的基线水平。需完善血生化、甲胎蛋白、乙肝五项、HBV DNA、丙肝抗体、艾滋病抗体，腹部B超、心电图等检查。对于注射干扰素患者，初治治疗前还建议完善眼底检查及甲状腺功能、甲状腺抗体、自身免疫相关抗体等检查。

干扰素的疗程一般为1年，随访项目主要包括：血常规，治疗后第1个月，每周需查血常规，第2-3个月，每2周或1个月查；肝功能第1-3个月每月都需要检测，以后每3个月检测：乙肝五项（特别是其中的HBsAg HBeAb和HBeAg）、HBV DNA 水平及其他生化免疫指标等，一般可每3个月检测。不同患者对于抗病毒反应不同，上述指标的检测期间，尤其是血常规与肝功能，可以根据患者个体情况适当调整。

口服核苷类似物治疗患者疗程很长，主要监测肝功能、乙肝五项、HBV DNA等，一般在治疗第1年，可于第1、3、6、9、12个月检测，第二年后可每间隔3-6个月检测。还需要根据药物不同监测其副作用，如果使用阿德福韦酯，尤其需要监测肾功能（血肌酐、尿素氮、钙、磷等）；如应用替比夫定，需要监测肌酸激酶，如使用恩替卡韦，且合并肝硬化，还要注意监测乳酸水平。治疗中还要密切观察疗效，及时调整治疗方案，对于治疗后病毒反弹可能出现耐药的患者可进行耐药基因位点检测。