医院院徽为五瓣梅花花形徽章，以双手为捧起蛇杖图案为设计主体，以红色为背景色，金色字体和镂空图案。蛇仗为罗马神话中之医神亚希彼斯之主要表征，有救死扶伤之爱心，救死扶伤之能力，医学科学以及医生职业的平实与神圣的含义。蛇仗上缠绕的灵蛇的造型近似“3”与三院名称相呼应，也寓意着“医、教、研”三大重点工作的深刻内涵。“双手”带有呵护，关爱及赋予之涵义，寓意北医三院对患者健康的呵护，也象征着三院人对三院的呵护；梅花象征北医三院坚韧不拔，不屈不挠，奋勇当先，自强不息的精神品质，五朵花瓣相互拥簇有团结互爱的含义。色彩：红色有热情之意，寓意三院对患者的服务充满热情和关爱，象征医院的悠久历史和文化传承；下方有“1958”字样，代表医院建院时间；外环上方是韩启德副主席题写的医院名称，下方是“北京大学第三医院”的英文全称。
