2021年12月27日，中国科学技术信息研究所公布了2020年度中国科技论文统计结果，北京大学第三医院多项排名提升。
自1987年以来，中国科学技术信息研究所承担“中国科技论文统计与分析”工作，相关宏观统计数据编入国家统计局和国家科学技术部编制的《中国科技统计年鉴》，统计和分析研究成果被科技管理部门和学术界广泛关注和应用。
北京大学第三医院2020年科学引文索引扩展版（SCI）收录论文540篇，在全国医疗机构排名中列第31名，相比去年上升15位。2011-2020年2346篇论文被引用30992次，在全国医疗机构排名中列第45名。SCI学科影响因子前1/10的期刊论文36篇，在全国医疗机构排名中列第30名，相比去年上升7位。
中国科技论文与引文数据库（CSTPCD）收录论文758篇，在全国医疗机构排名中列第9名，相比去年上升4位。
国内论文被引用4369次，在全国医疗机构排名中列第7名。国内论文被引用2538篇，在全国医疗机构排名中列第8名。
中国卓越科技论文630篇，在全国医疗机构排名中列第10名，相比去年上升8位。
“领跑者5000(F5000)——中国精品科技期刊顶尖学术论文”名录中，我院木良善、赵越、乔杰于2018年发表的《肥胖与多囊卵巢综合征的关联性及潜在机制 》论文，谷莉、张巧云、杨延砚、周谋望于2020年发表的《踝关节运动损伤患者的焦虑抑郁状态及其影响因素 》入选。
