北京大学第三医院睡眠医学中心是由呼吸科、耳鼻喉科、口腔科、神经科、儿科、普通外科、麻醉科与药剂科等多学科融合一体，承担临床诊疗、教学与临床研究的睡眠呼吸疾病与睡眠疾病诊疗中心。

在睡眠呼吸监测与多导睡眠监测基础上，睡眠医学中心开展睡眠呼吸疾病的无创正压通气治疗、口腔矫治器治疗、上气道外科治疗、减重内科和减重外科治疗，及多学科相结合的综合治疗。同时开展睡眠呼吸疾病并发高血压、冠心病、心律失常、心力衰竭、支气管哮喘、慢性阻塞性肺疾病、慢性咳嗽、脑血管病与认知功能障碍、失眠、反流性食道炎、糖尿病、代谢综合征、肾脏疾病、妊娠高血压和糖尿病、多囊卵巢综合征、男性性功能障碍与缺血性眼病等疾病的诊疗与临床研究。开展睡眠呼吸疾病患者的围手术期麻醉评估与干预。开展针对失眠、发作性睡病、不安腿综合征、快速眼动睡眠相关行为障碍的药物与认知行为治疗。睡眠医学中心每年诊疗睡眠呼吸疾病与睡眠疾病患者2万余人次，是北京地区规模最大的睡眠呼吸疾病与睡眠疾病诊疗中心之一。