随着科技的飞速进步，传统病理的形态学诊断已不能适应现代疾病精准诊治的需求。分子病理是近年来发展起来的新技术，从染色体、DNA、RNA和蛋白角度分析疾病发生发展规律，主要应用于肿瘤易感基因检测、肿瘤分子分型、遗传性疾病的诊断与分型、药物伴随诊断、感染性疾病病原体检测和预后评估等领域，在疾病的诊断和个体化治疗中起重要作用。北京大学医学部病理系从上世纪80年代起即已开展分子病理诊断，是我国第一批获得卫生部临检中心认证的临床基因扩增检验实验室。分子病理实验室，是国家卫健委病理质控评价中心（PQCC）示范实验室和北京市重点实验室，具有临床基因（DNA/RNA）扩增检测的条件和相关资质。实验室下属各检测平台均遵循《医学实验室质量和能力专用要求》 (ISO/IEC 15189)、CNAS95.2和卫健委《医疗机构临床实验室管理办法》的规范进行工作，已经达到较高的流程标准化和信息化水平。
分子病理实验室开展的检测项目涵盖肿瘤个体化治疗以及药物反应的预测、肿瘤易感性检测、多亚型肿瘤的鉴别诊断、预后分析、感染因子检测和遗传性疾病的诊断等诸多医学领域。检测项目涉及肺癌、乳腺癌、胃肠道间质瘤、结直肠癌、膀胱癌、甲状腺癌、胶质瘤、软组织肉瘤、淋巴瘤等几十种肿瘤的分子诊断和个体化治疗指导，同时还能进行用药安全和毒性预测相关的细胞色素P450代谢酶多态性分析等（见表1）。
分子病理实验室检测类别及仪器平台
主要分子病理检测类别包括，显色原位杂交、荧光原位杂交（FISH）、PCR扩增、荧光定量PCR、基因芯片、高通量测序、蛋白质分析和抗体谱检测等。实验室仪器品类齐全，包括基因组及表达分析平台、蛋白分析平台、荧光原位杂交及显微切割平台、病理切片扫描及影像分析平台等。仪器总额超过1000万元。
表1：分子病理实验室开展项目列表
项目名称
| 参考意义
| 检测方法
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高通量测序-BRCA1/2
| 检测高危人群BRCA1/2基因的全部外显子及部分内含子序列，分析其中的序列改变（包括突变、缺失、插入等），并对这些序列改变进行分级，为临床病人治疗方案的选择、预后判断及亲属进行相应的遗传筛查和咨询提供依据。
| ABI PGM高通量测序
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高通量测序-肺癌
| 为肺癌的诊断、治疗方案的选择（特别是靶向治疗和化疗方案的选择）及预后判断提供依据。
| ABI PGM高通量测序
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高通量测序-肺癌融合基因
| 为肺癌治疗方案的选择（特别是靶向治疗和化疗方案的选择）及预后判断提供依据。
| ABI PGM高通量测序
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高通量测序-肿瘤多基因测序
| 为常见实体肿瘤的诊断、治疗方案的选择（特别是靶向治疗和化疗方案的选择）及预后判断提供依据。
| ABI PGM高通量测序
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BRAF基因V600E突变
| 与表皮生长因子受体靶向治疗（西妥昔单抗）敏感性有关；Lynch综合征筛查标志之一；V600E突变与甲状腺乳头状癌的诊断及预后有关
| ARMS-PCR1
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EGFR基因热点突变
| 与表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂治疗敏感性有关
| ARMS-PCR
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KRAS基因热点突变
| 与表皮生长因子受体靶向治疗敏感性有关
| ARMS-PCR
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NRAS基因热点突变
| 与表皮生长因子受体靶向治疗（西妥昔单抗）敏感性有关
| ARMS-PCR
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PIK3CA基因热点突变
| 与表皮生长因子受体靶向治疗耐药性有关
| ARMS-PCR
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EB病毒检测
| 病灶内EBV-EBER的存在及定位
| CISH2
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疱疹病毒8型检测
| 病灶内HHV8的存在及定位
| CISH
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人乳头瘤病毒(16/18型)
| 人乳头瘤病毒HPV低危型 （6/11型）的存在及定位
| CISH
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人乳头瘤病毒(6/11型)
| 人乳头瘤病毒HPV高危型（16/18型）的存在及定位
| CISH
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人乳头瘤病毒(通用型)
| 人乳头瘤病毒HPV 的存在及定位
| CISH
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1p/19q缺失
| 与少突胶质细胞瘤的诊断和预后有关
| FISH3
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ALK基因断裂易位
| 间变性大细胞淋巴瘤的诊断与鉴别诊断
| FISH
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ALK基因断裂重排
| 与酪氨酸激酶抑制剂克唑替尼疗效有关
| FISH
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BCL2基因断裂易位
| 淋巴瘤的诊断与鉴别诊断，协助判定弥漫性大B细胞淋巴瘤的预后
| FISH
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BCL6基因断裂易位
| 有助于滤泡性淋巴瘤的诊断及鉴别诊断
| FISH
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BIRC3/MALT1基因融合
| MALT淋巴瘤的诊断与鉴别诊断，协助治疗方案的选择
| FISH
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CCND1基因断裂易位
| 套细胞淋巴瘤的诊断与鉴别诊断
| FISH
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cMET基因扩增
| cMET靶向治疗反应性和EGFR靶向治疗耐药具有相关性
| FISH
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COLIA1/PDGFB基因重排
| 皮肤隆突性纤维肉瘤的确诊
| FISH
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DDIT3基因重排
| 粘液样/圆形细胞脂肪肉瘤的确诊
| FISH
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EGFR基因扩增
| 胶质瘤的分子分型
| FISH
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EWS基因重排
| 尤文肉瘤/PNET、促纤维增生性小圆细胞肿瘤、透明细胞肉瘤、骨外粘液样软骨肉瘤等具有EWSR1基因位点断裂肿瘤的确诊。
| FISH
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FOXO1基因重排
| 腺泡状横纹肌肉瘤的确诊
| FISH
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FUS基因重排
| 血管瘤样纤维组织细胞瘤、低级别纤维粘液样肉瘤、粘液样/圆形细胞脂肪肉瘤、急性髓性淋巴瘤的确诊
| FISH
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HER2/neu基因扩增
| 与曲妥珠单抗（赫赛汀）靶向治疗敏感性有关
| FISH
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IgH基因断裂易位
| 有助于B细胞淋巴瘤的诊断及鉴别诊断
| FISH
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MALT1基因断裂易位
| MALT淋巴瘤的诊断与鉴别诊断
| FISH
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MDM2基因扩增
| 非典型性脂肪瘤/高分化脂肪肉瘤的确诊、去分化脂肪肉瘤
| FISH
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MYC基因断裂易位
| Burkitt淋巴瘤和弥漫性大B细胞淋巴瘤的诊断与鉴别诊断，协助判定弥漫性大B细胞淋巴瘤的预后
| FISH
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NTRK1,NTRK2,NTRK3基因重排
| 有助于NTRK基因融合相关性肿瘤的鉴别诊断
| FISH
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PPAR基因重排
| 甲状腺癌的辅助诊断
| FISH
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SS18基因重排
| 滑膜肉瘤的确诊
| FISH
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TFE3基因重排
| 腺泡状软组织肉瘤、Xp11.2肾细胞癌的确诊
| FISH
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USP6基因重排
| 结节性筋膜炎、动脉瘤样骨囊肿的确诊。
| FISH
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黑色素瘤FISH检测
| 恶性黑色素瘤的辅助诊断
| FISH
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5羟色胺受体基因多态性检测
| 与抑郁症患者用药方案有关
| PCR+毛细管电泳
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P450家族代谢酶基因型检测
| 为临床用药品种及剂量选择有关
| PCR+毛细管电泳
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ATP7B基因第8外显子突变
| Wilson病/肝豆状核变性的鉴别诊断
| PCR-毛细管电泳
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BCOR基因突变（exon 15）
| 有助于肾透明细胞肉瘤的鉴别诊断
| PCR-毛细管电泳
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BRAF基因突变（exon 15）
| 与表皮生长因子受体靶向治疗（西妥昔单抗）敏感性有关；Lynch综合征筛查标志之一
| PCR-毛细管电泳
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BRAF基因突变（exon 15）
| V600E突变与甲状腺乳头状癌的诊断及预后有关
| PCR-毛细管电泳
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DICER1基因突变检测
| 有助于卵巢性索间质细胞鉴别诊断
| PCR-毛细管电泳
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EGFR基因突变（exon 18-21）
| 与表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂治疗敏感性有关
| PCR-毛细管电泳
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FOXL2基因C134W突变检测
| 有助于成人型颗粒细胞瘤鉴别诊断
| PCR-毛细管电泳
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GNAS基因突变检测
| 有助于骨的纤维结构不良鉴别诊断
| PCR-毛细管电泳
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H3F3A基因突变检测
| 有助于骨巨细胞瘤鉴别诊断
| PCR-毛细管电泳
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Hp耐药性
| 幽门螺杆菌的治疗
| PCR-毛细管电泳
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IDH1基因突变检测
| 与星形胶质细胞瘤和少突胶质细胞瘤预后有关
| PCR-毛细管电泳
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IDH2基因突变检测
| 与星形胶质细胞瘤和少突胶质细胞瘤预后有关
| PCR-毛细管电泳
|
IGH、IGK基因重排检测
| B细胞淋巴瘤的辅助诊断和鉴别诊断指标，特别是对于经常规HE、免疫组化检测仍不能确诊的病例
| PCR-毛细管电泳
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KIT 基因突变（exon 9,11,13,14,17）
| 胃肠道间质瘤（GIST）的鉴别诊断及预后指标；与格列卫（伊马替尼）的治疗敏感性有关
| PCR-毛细管电泳
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KRAS基因突变（exon 2-4）
| 与表皮生长因子受体靶向治疗敏感性有关
| PCR-毛细管电泳
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NRAS基因突变（exon 2,3,4）
| 与表皮生长因子受体靶向治疗（西妥昔单抗）敏感性有关
| PCR-毛细管电泳
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PDGFRA基因突变（exon 12,18）
| 胃肠道间质瘤（GIST）的鉴别诊断及预后指标；与格列卫（伊马替尼）的治疗敏感性有关
| PCR-毛细管电泳
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PIK3CA基因突变（exon 9, 20）
| 与表皮生长因子受体靶向治疗耐药性有关
| PCR-毛细管电泳
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POLE基因突变检测
| 有助于子宫内膜癌的分子分型
| PCR-毛细管电泳
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TERT基因启动子突变
| 有助于甲状腺癌及胶质瘤的鉴别诊断
| PCR-毛细管电泳
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TCRB、TCRG基因重排检测
| T细胞淋巴瘤的辅助诊断和鉴别诊断指标，特别是对于经常规HE、免疫组化检测仍不能确诊的病例
| PCR-毛细管电泳
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UGT1A1基因启动子区
| 预测与伊立替康相关的严重毒副作用的发生
| PCR-毛细管电泳
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肠癌基因检测套餐
| 包括KRAS,NRAS,BRAF,PIK3CA基因突变的组合检测方案，意义同上
| PCR-毛细管电泳
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微卫星不稳定性（MSI）
| 与结直肠癌预后、5-Fu类药物敏感性有关；Lynch综合征筛查标志之一
| PCR-毛细管电泳
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STR基因分型
| 与葡萄胎鉴别诊断及分子分型相关
| PCR-毛细管电泳
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ETV6-NTRK3基因融合
| 有助于乳腺分泌性癌的鉴别诊断
| RT-PCR4
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EML4-ALK基因融合
| 与酪氨酸激酶抑制剂克唑替尼疗效有关
| RT-PCR
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ROS1基因融合
| 与酪氨酸激酶抑制剂克唑替尼疗效有关
| RT-PCR
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MGMT甲基化检测
| 与胶质瘤患者预后和烷化剂治疗敏感性有关
| 甲基化PCR
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MLH1甲基化检测
| 与Lynch综合征相关性肿瘤筛查有关
| 甲基化PCR
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循环血T790M突变
| 有助于EGFR靶向治疗的疗效预测
| 数字PCR
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CYP2C29基因分型
| 为临床用药品种及剂量选择有关
| 荧光PCR
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Hp定性及分型
| 幽门螺杆菌的治疗
| 荧光PCR
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结核分枝杆菌检测
| 结核分枝杆菌特异基因片段鉴定
| 荧光PCR
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1. ARMS-PCR, 扩增阻滞突变型-聚合酶链式反应技术，是一种用来检测已知基因位点突变的方法；
2. CISH, 显色原位杂交技术，是一种针对石蜡组织中特异性核酸（DNA/RNA）的检测技术，主要用于显示基因的表达、位置及拷贝数变异等；；
3. FISH, 荧光原位杂交技术，是一种针对石蜡组织中特异性核酸（DNA/RNA）的检测技术，主要用于显示基因的表达、位置及拷贝数变异等；
4. RT-PCR, 实时定量-聚合酶链式反应，是一种用来检测已知基因位点突变的方法；
分子病理
