1.平台简介:Sanger测序作为目前精度最高的测序方式,被誉为“测序金标准”,主要应用于单基因突变检测。同时,该平台还具有DNA片段分析功能,可用于个体识别及细胞谱系基因分型。
平台仪器:Applied Biosystems遗传分析系统
2.主要检测项目及临床病理意义
基因突变检测项目
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检测基因
| 检测靶点
| 检测意义
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ATP7B
| exon 8
| 编码铜转运ATP酶,其异常与肝豆状核变性(Wilson's Disease)的发生有关
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BCOR
| exon15 internal tandem duplication
| 可见于肾透明细胞肉瘤、高级别子宫内膜间质肉瘤
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BRAF
| exon 15
| 结直肠癌靶向治疗疗效预测;辅助鉴别Lynch综合征;甲状腺癌预后评估;特殊类型胶质瘤的鉴别诊断
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CTNNB1
| exon 3
| 辅助鉴别诊断韧带样纤维瘤病、卵巢微囊性间质瘤、胰腺实性假乳头性肿瘤、鼻腔鼻窦血管外皮细胞瘤、幼年鼻咽纤维血管瘤等肿瘤,突变者常表现为β-catenin蛋白的核定位信号
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CYP2C19
| CYP2C19*2, *3, *19
| CYP2C19多态性有利于PPI类药物的药量选择,制定个体化用药方案
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DICER1
| exon 24-25
| 卵巢性索间质细胞肿瘤的鉴别诊断,中-低分化支持间质细胞瘤可见该突变
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EGFR
| exon 18-21
| 与酪氨酸激酶抑制剂治疗预测相关
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FH
| exon 1-10
| 辅助诊断延胡索酸水合酶(FH)缺陷型平滑肌瘤及肾细胞癌
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FOXL2
| C134W突变
| 卵巢性索间质细胞肿瘤的鉴别诊断,成人型粒层细胞瘤可见该突变
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GNAS
| exon 8、9
| 辅助鉴别诊断骨纤维结构不良
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H3F3A
| exon 1
| 辅助鉴别诊断骨巨细胞瘤
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Helicobacter pylori
| 16S Rrna, 23S Rrna, PBP1, gyrA
| 抗幽门螺杆菌的药物选择
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IDH1
| exon 4
| 神经胶质瘤分子分型
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IDH2
| exon 4
| 神经胶质瘤分子分型
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KIT
| exon 9、11、13、14、17
| 辅助诊断胃肠间质瘤,与格列卫疗效预测相关
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KRAS
| exon 2-4
| 结直肠癌靶向治疗疗效预测;胰腺癌、肺或子宫内膜的粘液腺癌常有KRAS突变
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LKB1/STK11
| exon 1-9
| PJ综合征及相关肿瘤的鉴别诊断
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MED12
| exon 2
| 子宫平滑肌瘤及乳腺纤维上皮性肿瘤常见该突变
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NRAS
| exon 2-4
| 结直肠癌靶向治疗疗效预测,特殊亚型甲状腺癌可有NRAS突变
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PDGFRA
| exon 12、18
| 辅助诊断胃肠间质瘤,与格列卫疗效预测相关
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PIK3CA
| exon 9、20
| PI3K/Akt/mTOR信号通路靶向药物疗效预测
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POLE
| exon 9-14
| 子宫内膜癌分子分型、预后及治疗预测标志
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TERT
| 启动子C228T & C250T突变
| 神经胶质瘤分子分型,甲状腺肿瘤预后评估
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片段分析检测项目
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检测项目
| 检测靶点
| 检测意义
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STR基因分型
| 16个STR基因位点
| 葡萄胎等妊娠滋养细胞疾病的鉴别诊断和分子分型,生殖细胞肿瘤的鉴别诊断
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淋巴瘤基因重排
| Ig和TCR基因重排
| 辅助鉴别淋巴瘤和淋巴组织增生
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微卫星不稳定性(MSI)
| 5个微卫星位点
(BAT-25,BAT-26, MONO-27,NR-21,NR-24)
| Lynch综合征相关肿瘤的鉴别和免疫治疗疗效预测
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3.检测结果示例
(1)基因突变检测
图注:Sanger测序检出CTNNB1基因exon3 p.T41A突变。
(2)片段分析检测
图注:STR基因分型显示胎盘绒毛来自于单精纯合型完全性葡萄胎。