北京大学第三医院药物临床试验机构（简称“机构”）成立于1983年，为卫生部第一批国家临床药理基地。机构目前定位为全院药物、医疗器械临床试验技术服务及科创平台。

机构负责创新药早期“一站式”技术服务平台、创新药械晚期技术服务平台、质量保证平台3个技术平台的日常运营，下设3个部门负责具体工作，分别为运营部、临床药理与定量药理学研究室、I期研究病房。机构研究团队日益壮大，现有工作人员45人、联合培养学生十余人。