1966年“文革”开始，主任查房制被废除，教学工作也全面停止。1969年10月，包括神经内科夏永潮和石磊在内的北医三院134名医生、护士和技术人员被派往西北(甘肃)安家落户。孙书善主任收到错误批评，并于1975年因病逝去，此时，全科仅剩下李美琳和曹佩芝两人。这一时期，医院被要求打破科室界限，成立了内科联队和外科联队。作为内科联队的组成部分，神经内科与内科合井，神经内科病人与内科病人共同分布于内科的四个病房之中，神经内科医生也成为了内科医生。同时，神经内科门诊与精神科合并。当时要求医、护、卫结合，因此，医生们除做本职工作外还要去当护士和卫生员，这种状况大约持续了3年左右。后来，医院根据工作需要，又将神经内科与内科分开，但全科仅剩12张病床。即便如此，科室仍在努力的保存并发展着，1974年谢汝萍大夫从天津医科大学总医院神经内科调入。1976年，王宪玲大夫由北大一院调入。他们日后都为科室的发展贡献了重要的力量。