北京大学第三医院神经内科具有神经系统疾病特别是运动神经元病研究领域的工作基础和技术优势，能结合我国临床实际，紧跟国际前沿，许多方面都达到了国内先进水平，部分领域达到了国际先进水平。多项研究获得国家、部委和北京市科技进步奖及论文奖，如1992年获卫生部第七次全国中青年医学大会优秀论文奖、1994年获中华医学系列杂志优秀论文奖、1995年获卫生部科学技术进步三等奖、1995年获北京大学医学部国际交流基金奖、1996年获临床荟萃优秀论文一等奖、1999年获北京大学医学部课题优秀论文奖、2001年获美国中华医学基金奖。同时我科还获863、973等科研基金近百万元，在国内外学术刊物上发表论文数百篇。我科的基金课题和攻关课题有：教育部回国人员科研基金课题：肌萎缩侧索硬化中运动神经元死亡模型及发病机理的研究；863计划基金课题： 腺伴随病毒载体（AAV）载体介导中枢神经系统多基因复合共转导研究；863计划基金课题：腺伴随病毒（AAV）载体介导帕金森病基因治疗的实验研究；教育部优秀年轻教师基金课题：肌萎缩侧索硬化患者遗传易感性相关基因的研究；国家"九五"医学科学攻关课题：急性缺血性脑血管病超早期静脉溶栓治疗的研究。此外我科参与编写北京大学医学部神经病学教科书一部、参与编写教育部医学5年制神经病学教科书一部、翻译哈氏内科学一部。

截至目前的不完全统计，我科2005年在各专业杂志上共发表学术文章31篇，其中统计源期刊27篇。且论文质量有了明显提高，PubMed收录文章3篇、SCI收录文章（含会议摘要）4篇、另有3篇论文已被SCI收录杂志接收待发表。在国际会议上交流论文8篇。首次在国内发现并以分子生物学方法证实了肯尼迪病患者1例（相关资料整理待发表）。获科研基金80多万元，其中，北京大学985（二期）支持的“教育部新世纪优秀人才支持计划”50万元和北京市科委干细胞临床研究重大项目基金28万元（樊东升）、回国人员启动基金3万元（李小刚）、院中青年科研“种子基金”3万元（邓敏、鲁明、傅瑜）。学术兼职上，樊东升受聘担任《中华神经科杂志》第3届编委会编委、《中国实用内科杂志》第6届编委会编委、《临床荟萃》第4届编委会编委、北京脑血管病防治协会副会长、中国睡眠研究会第一届睡眠障碍专业委员会委员、中华预防医学会自由基医学专业委员会常委。王宪玲受聘《卒中与神经疾病杂志》特约编委等。