北京大学第三医院心脏外科前身为北医三院胸心外科心外专业组。北医三院胸心外科始建于1986年，在老一代普通外科专家的努力和帮助下，在普通外科内成立专业组。自普通外科16病房分出住院床位5张，建科时有周冠汉、刘丹丹、孙凌波、万松四名医生，周冠汉任主任。早期以普胸手术为主，心脏手术最初主要开展常见先天性心脏病、冠状动脉外科及瓣膜病外科手术等。 1986年11月，开展北医三院首例体外循环直视心脏手术，为一名21岁患者成功实施房间隔缺损修补；1987年4月，开展北医三院首例主动脉瓣和二尖瓣双瓣置换术并获得成功；1987年6月，成功实施北医系统首例冠状动脉旁路移植术；1988年5月，成功实施北医三院首例心脏外伤患者急诊心脏修补术，并获得成功；1988年11月，成功矫治一例法洛四联症患者，标志着北医三院心脏外科开始涉足复杂先天性心脏病治疗领域。

1991年病房调整，16病房正式成为胸心外科病房，床位20张。刘丹丹任代理主任，先后有刘丹丹、孙凌波、万松、张松林、蔡浙清、付清泉、张明杰等医生，张文先任护士长。1992年开展冠心病激光心肌打孔治疗；1995年成功实施北医三院首例“室间隔穿孔+巨大室壁瘤切除术”。至2000年共完成心脏手术近200例。同时，新成立的胸心外科积极参与组织各项国际学术交流活动。1991年9月，邀请新加坡国立大学李俊能教授带领专家组举办为期一周的冠状动脉外科学习班，国内60余位心外科、麻醉科及体外循环医师参加了培训班；同年10月，邀请美国专家组举办为期一周的IABP讲座。

2001年5月16日，北京大学第三医院心脏外科脱离原胸心外科，正式独立建科。聘请北京大学人民医院心脏外科万峰教授兼任第一任心脏外科主任，高峰任主任助理，后调入杨碧波接任科室主任，李潮任副主任，万峰教授被聘为技术指导。张文先任科室护士长。

建科初期，共有杨碧波、李潮、高峰、崔仲奇等外科医生4人，刁国华为体外循环师，徐敏为监护医师，张文先等专科护士13人。共有普通病床11张，监护病床4张。在医院领导和兄弟科室的大力支持和协助下，心脏外科顺利度过磨合阶段，全面开展各种心脏手术。2001年6月，成功完成首例急性暴发性肺栓塞患者肺动脉切开取栓治疗；2005年4月，完成首例心源性休克患者体外膜肺氧合支持（ECMO）治疗；2005年6月，完成首例双心室辅助装置（VAD）置入术；2005年9月，完成北京大学首例同种异体原位心脏移植手术。近七年来，共开展各种心脏外科手术近600例。

2009年12月万峰教授回到三院任心脏外科学术带头人和即科室主任，同期人民医院解基严主任来到北医三院心脏外科任常务副主任，使我院心脏疾病外科治疗水平有了飞速的提高，一举将缺血性心脏的手术治疗推向到国内领先水平。

“全方位关心病人”是北医三院心脏外科的核心理念。全科医护人员坚持全心全意为病人服务的宗旨，团结一致，兢兢业业。北医三院心脏外科还是一个年轻的、发展中的科室，事业尚处于起步阶段。目前，在硬件方面，医院为心脏外科创造了良好的住院环境以及国内最先进的各种监护治疗设备，我们要更加努力，与时俱进，将心脏外科建设成北医三院的特色科室。科室历届主任名单

周冠汉，1986年～1991年，任主任

刘丹丹，1991年～2001年，任代理主任

万峰，2001.05--2001.12，任兼职主任

杨碧波，2001年～2008年，任主任

孙凌波，2008年～2009年，任代理主任

万峰，2009年～2018年，任主任

凌云鹏，2018年～至今，任主任