解放初，全国各大医学院参照苏联模式，采用统一的教学大纲，其中神经病学内容占相当的比重。1958年8月4日，“北医三院”（时称“北京医学院第三医院”）召开建院大会，次年 2月28日正式开诊。1959年3月21日，左奇同志被任命为北医三院院长，杨克勤、王承祝、冯金声、蔡路为副院长。在开院之初，神经内科作为首批临床二级学科建科，由于当时北京医学院只有第一医院（“北大一院”）设有神经内科，因此，创建北医三院神经内科的任务主要由北大一院承担。那时，北大一院神经内科的主任是陈文俊教授，另一位高年医师曹天祥教授己调往内蒙古医学院工作了。孙书善当时是北大一院神经内科主治医师及讲师，人品和学识都很好，因此被调任北医三院神经内科担任副主任。同时，北医应届毕业生李美琳分配来科，原建工医院内科医师曹佩芝调入北医三院后改为神经内科专业，并短期借调北大一院第三年住院医师饶明俐来北医三院神经内科以加强科室力量（饶大夫一年后返回，以后又调往白求恩医科大学第一医院神经内科工作，曾任白求恩医科大学副校长）。1959年下半年，另一位北医应届毕业生夏永潮分配来科，神经内科就不再与内科医师统一排班，而是开始独立值班，实行24小时值班制。1961年，北医应届毕业生石磊分配来科。这时，神经内科共有医生5人，他们是孙书善、曹佩芝、李美琳、夏永潮和石磊。

建科之初，由于当时的北医三院所在地尚处偏远荒郊，病人很少，病房床位经常住不满，因此曾给各个医院写信，希望其他医院能转一些病人过来。当时每日仅安排半天门诊，由一位医师出诊就已足够了。因为门诊量少，有时候甚至隔日才出一次。这种情况持续了约一到二年。

建科伊始，虽然各方面条件有限，科室人员多数年轻，从事神经内科工作时间很短，但在领导们的支持下，全科同仁团结奋斗，不但圆满完成了日常的医疗任务，还主动进行相关的临床科学研究，在60年代就开始了脑电图及临床神经电生理工作，积累了相关的经验，并于1964年由孙书善主任和李美琳医生发表了相关论文，这是我科目前可以查到的发表最早的一篇科技论文。经过前期的踏实苦干，神经内科已经初具规模，无论是医护人员、医疗设备，还是业务水平，都有了较大的进步，为日后发展壮大奠定了扎实的基础。