1915年生于北京，后全家随父迁上海。先后就读于碑文女中、清心女中。1935年在南京金陵女子学院医学预科学习三年，北京协和医学院学习五年，1943年获得医学博士学位。毕业后留在协和医院工作，从师于谢志光教授。

1948年，经谢教授推荐到美国芝加哥大学附属医院（Billing's Hospital）放射科进修，在那里，她的聪明好学与钻研精神得到了导师Hodges教授和众多外国同事的赞扬。1949年10月1日新中国成立的消息震撼了全世界的海外学子，也激发了李果珍教授的爱国之心，她毅然放弃了国外优越的生活环境，回到了百废待兴的祖国，为振兴中华放射学事业而献身。回国后，她成为我国首批放射学专家。1958年，创建北京医学院第三医院放射科。1965年，由北医三院调到北京医院放射科，任放射科主任。她还曾先后被北美放射学会和欧洲放射学会授予荣誉会员，目前世界上只有李果珍同时享有这两个荣誉称号。20世纪50年代，李教授首创以手和腕骨判断骨龄的研究，经过后来学者的不断完善，创建了中国人正常骨龄标准，已普遍用于临床诊断和运动医学。70年代末期，北京医院引进了全国第一台CT，李果珍教授在国内最早开展CT检查，并从1980年开始，先后举办了10余期全国CT学习班，毫无保留地将自己所学、所知传授给同仁，他们中的大多数已经成为各地的学术带头人。1984年开始，李教授出任《中华放射学杂志》主编。90年代初，她带领年轻的一代最先开始了高场强磁共振的临床应用，6年后她又与中国科学院合作，在国内率先开展了功能磁共振的研究。多年来，李果珍教授为我国医学影像新技术的引进和推广进行了不懈努力。

她曾先后撰写及指导了近百篇医学论著，其中1985年编写的《临床体部CT诊断学》，是我国最早的两部CT专著之一，成为学习CT的主要参考书。1994年，在原书的基础上，李教授丰富了内容并增加了该领域的新进展，编写了《临床CT诊断学》，该书被指定为全国大型医疗设备（CT）使用人员上岗考试的专用辅导材料，成为医学影像学领域的一部有影像力的专著，并由此获得卫生部科技进步二等奖。近年来，她还主编了《骨关节创伤X线诊断学》，并担任荣誉主编和编写《骨关节影像学》、《骨骼肌肉疾患影像诊断图谱》。另外，在1979年由李果珍教授创建的“百分计数法骨龄标准”，后来成为国内普遍应用于儿童少年骨龄评定的金标准。该方法根据10种骨的不同成熟程度，经过比较后划分成不同分期并分别计分，通过计算各骨、各期的骨龄发育指数，求得男1~22岁、女1~20岁的平均骨龄发育指数。

2013年李果珍教授百岁生辰，李果珍教授与谢敬霞教授合影