耳鼻喉科内镜培训基地是九个专科培训基地之一，从基地已经具备的设备条件、人员配备、场地设施、病源病种需求等方面，均具备了卫生部内镜诊疗技术培训基地基本标准，接收并培养了大量耳鼻喉科专科技术人才。

北医三院耳鼻喉科从1980年开始进行纤维鼻咽喉镜的检查，1991年增加了鼻内镜检查项目，1993年开始行鼻内镜手术。2000年开始引入耳内镜检查系统，至2008年又新增了频闪喉镜检查。目前已经形成了耳、鼻、咽喉全套的内镜检查及诊疗体系，每年完成的检查例数8000余例，完成手术1000余例。

耳鼻咽喉科内镜诊疗基地配备了专业师资，包括主任医师2名，副主任医师5名，主治医师2名，住院医师5名，技术员3名，护士3名。在工作分配上分为理论教学组，主要负责理论教学及考核；操作培训组，主要完成基础技术的培训，在模型上模拟操作及完成尸头训练，进行门诊诊疗技术及手术室手术技术的培训及考核等；辅助组，安排学生及学员的生活和各种日程。培训基地现有会议室1间，作为理论课教学及考核的场所；实验室2间用于模型模拟操作及模拟器的教学；解剖室1间，含有9各解剖槽，及大量尸头解剖标本，作为尸头培训用；门诊检查室1间，作为纤维鼻咽喉镜、频闪喉镜、硬管镜（耳内镜、鼻内镜）的诊疗培训用地；门诊消毒室1间，用于器械的消毒；耳鼻喉科固定层流手术间2个，配可转博的休息室1间，可作为手术培训的场所。同时耳鼻喉科拥有3套内镜工作站，可以同时进行不同的操作和培训。